Vlissingen ontstond in de 12e eeuw op een kreekrug bij de monding van een kreek die Oud‑Vlissingen met de Schelde verbond. Ten oosten daarvan ontwikkelde zich Nieuw‑Vlissingen, rond een nieuwe kerk. In 1294 kwam het gebied in handen van Floris V, waarna Willem III tussen 1304–1308 een langgerekte haven liet graven, met een spuikom en getijdenmolen voor doorspoeling. Vlissingen kreeg in 1315 beperkte stadsrechten en in 1477 hoge jurisdictie.
Tot de 15e eeuw groeide de stad als handels- en vissersplaats. In 1443 volgde een uitbreiding met de Engelse Haven (nu Vissershaven). De eerste omwalling uit 1489, in opdracht van Philips de Schone, is herkenbaar in de Walstraat.
Rond 1548 verrees een stenen bolwerk aan de westzijde van de haveningang. Na de overgang naar de zijde van Willem van Oranje in 1572 werd het gebied van een onvoltooide Spaanse dwangburcht planmatig ontwikkeld met een rechthoekig stratenplan (Palingstraat e.o.). Tussen deze uitleg en de oude omwalling werd de Nieuwe Haven/Pottekaai gegraven (gedempt 1909). Ten zuiden van de Vissershaven verrees in 1581 het Prinsenhof.
Begin 17e eeuw legde Prins Maurits een nieuwe vestinggordel met acht bastions aan. Binnen deze omwalling ontstonden werven en touwslagerijen rond de Dokhaven/Oosterhaven. Vlissingen was van 1609–1816 een belangrijke marinebasis.
Na opheffing van de vestingstatus in 1867 waarbij grote delen van de vestingwerken werden gesloopt begon een periode van groei. Belangrijk waren het Kanaal door Walcheren (1867–1873) en de spoorlijn Roosendaal–Vlissingen (1873). In 1875 vestigden zich aan de Dokhaven de o.a. de scheepswerf De Schelde op het terrein van de voormalige marinewerf. Nieuwe binnenhavens volgden, evenals een buitenhaven (1926–31) en de Petroleumhaven (1932).
Aan de westzijde ontwikkelde Vlissingen zich tot badplaats met boulevards (De Ruyter, Bankert, Evertsen) en hotels op de duinen. Na de watersnood van 1906 werden drie havens gedempt; het Bellamypark ontstond op de Koopmanshaven. Achter Boulevard Evertsen verrees een villapark (1906).
Vlissingen werd in 1942 onderdeel van de Atlantikwall. De stad liep zware schade op in 1944; wederopbouw volgde volgens een plan uit 1949. Vanaf de jaren zestig ontstonden nieuwe woonwijken aan de noordzijde en werden oudere wijken gesaneerd.
Met de opening van Vlissingen‑Oost (Sloehaven) in 1964 verschoof de havenactiviteit oostwaarts. De Vissershaven werd in 1989 jachthaven. Langs Boulevard Bankert verrees nieuwe hoogbouw. Een deel van de binnenstad is aangewezen als beschermd stadsgezicht.
